因为偷税事件，曾经处于精英组的百合根友久（冈田将生 饰）被踢到早先成立的科学搜查班（ST）担任指挥官，通过之前的合作，虽然百合根始终未能完全接受青山翔（志田未来 饰）、结城翠（芦名星 饰）、黑崎勇治（漥田正孝 饰）、山吹才藏（三宅弘城 饰）以及ST实际领导者赤城左门（藤原龙也 饰）这群怪人的行径，却也为他们自身那极度专业和见斥于周遭的气息所感染。百合根一面盼望早日回到搜查一课，一面又打算多守护ST的各位一段时间。随着作为后盾的三枝警官（渡部笃郎 饰）的离开和ST新任监查松户紫织（濑户朝香 饰）的到来，ST面临生死存亡的危机。赤门渐渐走出家门，百合根则成为遏止这头怪物不可或缺的重要存在…… 本片根据今野敏的原作改编。
三叶（北乃绮 饰）是冲田总悟（吉沢亮 饰）的姐姐，某一日，她告知弟弟自己即将和一位名叫藏场当马的男子结婚。实际上，三叶和土方十四郎（柳乐优弥 饰）曾经有过一段没有结果的情缘，当时，土方冷漠又决绝的拒绝了三叶的示好，这也是总悟憎恨土方的最主要的原因。可实际上，在他们两人的心中，依然保留着对于彼此最纯粹的感情。 三叶的身体一直不好，病情突然恶化的她昏倒被送往了医院。与此同时，真选组组长近藤勋（中村勘九郎 饰）发现，三叶的未婚夫一直在从事着走私军火的非法勾当，在背后支持他的，是庞大而又可怕的黑恶势力。愤怒的总悟决定替姐姐报仇，万事屋的老板坂田银时（小栗旬 饰）亦被卷入其中。
