某日突然现身于静冈的异星文明"Gaizok(ガイゾック)".开始侵略地球的行动.在数百年前逃避追杀而来到地球的神氏家族的后裔们,决意守护这个第二故乡.发动先祖遗留下来的巨大宇宙船"帝皇比亚路(キングビアル)"以及巨大合体机械人"赞波3(ザンボット3)",展开连番恶斗. 然而,神氏家族的付出却被百姓们所厌恶,认为他们就是招来Gaizok的元凶而遭到迫害.尽管被不信任,被出卖,被排挤,胜平一家还是坚持自己的立场,保卫地球......
工藤新一是全国著名的高中生侦探，在一次追查黑衣人犯罪团伙时不幸被团伙成员发现，击晕后喂了神奇的药水，工藤新一变回了小孩！新一找到了经常帮助他的阿笠博士，博士为他度身打造不少间谍武器。为了防止犯罪团伙对他进行报复，新一决定隐姓埋名，暗中追查他们，希望能得到解药。一日，新一 的女友毛利兰来到了阿笠博士的家寻找男友的下落，被小兰撞见的新一情急之下编造了自己名叫江户川柯南，随后柯南寄居在了小兰家。小兰的父亲毛利小五郎是一名私家侦探，新一可以籍着和他一起四出办案一起追查黑夜人的下落。柯南在小学认识步美等小学生，他们一起组织了一个少年侦探团，向罪犯宣战！
