邪电王国的希拉博士因为妒忌人类的超文明，于是向地球进行连串破坏行动。久保田博士下令健太、耕一祈、瞬、千里和杏子变身成电磁战队百万连者，进行对抗邪电的行动。其后，更出现了第六位战士早川裕作，起初新战士不太喜欢电磁战队，后来相处日子越多，感情越深厚。希拉更控制王者魔兽，打算与电磁战队同归于尽。
羽贺是秘密集结的调查队“王之探索者”的一员。他们的职责是调查这个世间的万物。在一次任务中，羽贺拯救了被龙袭击的村庄，受到了村民们的尊敬。获救的少女妮可拉深受鼓舞，也想跟随羽贺一同探险。然而羽贺的真实目的并不是探险……
白小纯合并下游四宗成立逆河宗后，成功挑战中游三宗立稳脚跟，被上游星空道极宗天人指名做质子，开启第三季质子篇。
