邪电王国的希拉博士因为妒忌人类的超文明，于是向地球进行连串破坏行动。久保田博士下令健太、耕一祈、瞬、千里和杏子变身成电磁战队百万连者，进行对抗邪电的行动。其后，更出现了第六位战士早川裕作，起初新战士不太喜欢电磁战队，后来相处日子越多，感情越深厚。希拉更控制王者魔兽，打算与电磁战队同归于尽。
秦牧天生凡体，历经考验成为天魔教教主，被延康国封为第一任太学博士。延康国叛乱之战中秦牧引来魔神，掀起浩荡风云，后随武可汗入楼兰黄金宫，一个人打遍圣宫无敌手。他返回延康,助国师平叛、造射日神炮，后得人皇传承成为新一代人皇。机缘巧合下秦牧得知自己的身世,借助道门小玉京等人帮助，开启道法神通改革的大世。
故事設定在《CODE GEASS 反叛的魯路修》的四年後 講述了兩名以高超的武藝廣為人知的傭兵，亞修和羅瑟的故事
